Kualitas air tanah dipengaruhi oleh lingkungan geografis, struktur tanah, komposisi batuan, dan aktivitas manusia. Misalnya, air tanah di beberapa daerah mungkin mengandung konsentrasi tinggi zat besi, mangan, sulfida, atau kesadahan yang tinggi, sehingga mengakibatkan air berwarna kuning, berbau, bersisik, dan masalah lainnya.