Para pemerhati lingkungan khawatir bahwa proyek desalinasi air laut dapat berdampak negatif terhadap perikanan dan ekosistem laut setempat. Instalasi desalinasi air laut dapat menghirup biota laut, terutama larva ikan, sehingga menyebabkan kerusakan pada sumber daya perikanan. Selain itu, air limbah dan air asin dapat dibuang selama proses desalinasi air laut sehingga menyebabkan pencemaran dan gangguan pada ekosistem laut.

Artikel ini menganalisis struktur biaya proses desalinasi, termasuk teknologi, energi, skala, dan aspek lainnya. Meskipun biaya yang dikeluarkan saat ini relatif tinggi, kemajuan dalam inovasi teknologi, skala ekonomi, dan manajemen pemeliharaan akan secara bertahap mengurangi biaya.