1. Ketergantungan energi 2. Biaya investasi awal yang tinggi 3. Pengotoran dan korosi membran 4. Biaya produksi air dari sistem desalinasi tenaga surya mungkin lebih tinggi 5. Instalasi desalinasi tenaga surya mungkin mempunyai dampak tertentu terhadap sumber daya air setempat